景區(qū)內(nèi)的莫斯卡溝自北而南流入磨子溝，繼而進入革什扎河。保護區(qū)以莫斯卡溝流域范圍為主，北與錯郎溝分水嶺為界，西以與丹東河之間的分水嶺為界；南以拉龍溝為界東則以莫斯卡溝與阿科里溝的分水嶺為界。

　　莫斯卡自然保護區(qū)內(nèi)出露地層由三疊系中統(tǒng)雜谷腦組之海相碎屑巖與泥質(zhì)巖組成，地層傾向北東，形成明顯的單面山地貌，莫斯卡溝左岸（東岸）陡而短，右岸（西岸）緩而長且多支流。自北而南有各沖溝、金龍溝、敬其溝、卡斯甲溝與拉龍溝等五條支溝，它們的流向受構(gòu)造控制明顯，甚至反方向入?yún)R主溝谷。雜谷腦組地層在莫斯卡溝出露的以砂巖為主，板巖次之，間夾數(shù)層灰至深灰色薄層狀灰?guī)r及泥質(zhì)灰?guī)r，厚度大于700米。由于砂、板巖的抗風(fēng)化能力較強，因而多數(shù)形成深切溝谷地貌，谷坡陡峭，溝中多急流瀑布，為景區(qū)平添了許多精致的山水景觀。而在4500米以上為古夷平面的殘留，地勢平坦開闊，多數(shù)為積雪期較長的荒漠灌叢占據(jù)。

　　莫斯卡溝為一條明顯的在冰川谷基礎(chǔ)上發(fā)育而成的現(xiàn)代溝谷，谷中冰磧物分布普遍，為景區(qū)內(nèi)景觀的主要分布區(qū)。山水、瀑布急流、巖溶肖形景觀及森林、草地等動植物景觀遍布大小溝谷中。森林樹種有云杉、冷杉、紅樺、白樺、高山楊等；動物則有白唇鹿、豹、雪豹、金雕、玉帶海雕胡兀鷲等國家一類保護物種和藏酋猴、獼猴、豺林麝等國家二類保護動物27種；另有白冠鹿、藏馬雞、藏狐等省級重點保護動物7種。各種野生動物保護完好，乃至出現(xiàn)寺廟中人獺和平共處的罕見景觀。